hupssss.. ngajar.. ngajar....

akhirnya bisa posting lagi setelah sekian lama vakum dari dunia perblogan... he he he he
Meskipun sedikit yaaaaa kan yang penting ada he he he......
tak terasa udah hampir satu semester telah resmi menjadi pengajar di JILC. terlalu banyak suka dan duka yang dijalanii....
@ jadwal training yang terlalu padat
@ Jadwal ngajar yang benturan ama jam kuliah
@ Kejar2an ama supir PT2, terlambat denda gaji 2 jam hayooooooooooooo.....
@ Dan ini yang paling menjengkelkan : kelakuan siswa ......



Read More......

DNA adalah asam inti / asam nukleat yang terdiri atas 2 utas benang polinukleotida yang berpilin ganda atau double helix

Fungsi gen:
1.membawa informasi genetic

2. mengendalikan enzim

3. mengatur struktur polisakrida

Transkripsi DNA

Proses dimana sebagian pesan genetik pada DNA ditulis kembali asam Ribon nukleat/ RNA.

Kromosom homolog: kromosom yang memiliki ukuran, bentuk dan jumlah gen yang sama. Sel tubuh jumlahnya sepasang.

Kromosom nonhomolog: kromosom yang memiliki ukuran, bentuk, dan jumlah gen yang berbeda. Jumlahnya sepasang.

Nukleosida : yaitu molekul organik yang terdiri dari golongan basa nitrogen dan gula 5- karbon

Nukleotida : yaitu materi penyusun asam nukleat yang terdiri dari gula 5 karbon yang terlihat secara kovalen dengan basa dan gugus fosfat.

Sentromer = kepala kromosom yang berperan dalam pembelahan sel, yaitu sebagai tempat benang benang gelondong yang mengarahkan pembelahan sel

MACAM KROMOSOM BERDASARKAN BENTUK SENTROMER

1. Metasentrik = sentromer terletak di tengah, membagi lengan kromosom menjadi dua lengan yang hampir sama panjang.
2. submetasentrik = sentromer membagi lengan kromosom menjadi dua lengan yang tidak sama panjang. Satu lengan panjang dan satu lengan pendek.
3. akosentrik = sentromer terletak di dekat ujung kromosom.
4. telosentrik = sentromer terletak di ujung kromosom.

Perbedaan struktur DNA dan RNA:

Struktur DNA pada basa pirimidin tersusun atas timin (T) sedangkan pada RNA basa pirimidin atas timin (T) diganti dengan urasil (U)

GEN merupakan unit bahan yang membawa sifat keturunan.

Terletak di dalam kromosom tepatnya pada bagian yang disebut kromomer atau nukleosom.

Letak GEN pada kromosom disebut LOKUS

FENOTIPE Sifat yang tampak atau dapat diamati.

Replikasi DNA = proses penggandaan diri yang dibantu oleh enzim polimerasi

REPIKASI DNA

1. Konservatif = 2 utas ganda DNA secara bersama membentuk dua utas baru sehingga pada akhir replikasi akan terbentuk 1 utas ganda baru 1 utas ganda lama

2. Semi Konservatif = 2 utas ganda DNA menjadi cetakan bagi pembentukan utas baru. Sehingga pada akhir proses replikasi akan ditemukan 2 utas ganda yang masing masing mengandung 1 utas baru dan 1 utas lama.

3. Dispersif = DNA secara bersama sama membentuk 2 utas baru yang masing masing terdiri dari utas lama dan utas baru yang berselang seling.

GEN LETAL: apabila dalam keadaan homozigot dapat menyebabkan kematian pada individu yang memilikinya.

GEN LETAL terbagi 2

1. gen letal dominan = dalam keadaan heterozigot individunya bisa hidup taoi dalam keadaan cacat. Contoh: ayam ceper
2. gen letal resesif = dalam keadaan homozigot dapat membentuk klorofil sempurna dan berdaun hijau.dalam keadaan heterozigiot daunnya bewarna kuning akan tetapi bisa menghasilkan buah atau biji. Contoh: jagung.a

Read More......

TUGAS TERSTRUKTUR TRANSKRIPSI.

PENDAHULUAN

Transkripsi adalah proses sintesa RNA dari sekuen DNA sebuah Gen oleh enzim RNA polimerase. RNA diproduksi dengan menggunakan template/anti-sense/non-coding strand. RNA merupakan copy dari non template/sense/coding strand. Selama proses transkripsi, RNA disintesa melalui polimerase NTPs. 3 - OH dari satu nukleotida bereaksi dengan 5 - fosfat dari nukleotida yang lain, sehingga membentuk ikatan fosfodiester.

Sintesa RNA yang diarahkan oleh DNA terjadi pada sel prokariota dan eukriota ; Pada sel prokariota, transkripsi terhenti tepat fase terminasi, ketika enzim polimerase mencapai titik tersebut polimerase melepas RNA dan DNA. Pada sel eukriota enzim-enzim memodifikasi kedua ujung melekul pra-mRNA. Tutup terdiri guonosin trifosfat yang sudah dimodifikasi ditambahkan ke ujung 5  segera setelah RNA dibuat.

Ekor poli (A) yang mengandung hingga 200 nukleotida adenin dilekatkan pada ujung 3 , ujung yang terbentuk pemotongan di arah downstream dari terminasi sinyal pengakhir AAUAA. Ujung-ujung termodifikasi ini membantu melindungi RNA dari dagradasi, dan ekor poli (A) dapat mempermudah ekspor mRNA dari nukleus Ketika mRNA mencapai sitoplasma, ujung-ujng termodifikasi bersama protein sitoplasma tertentu mensinyal ribosom untuk melekat pada mRNA.

Tahapan Transkripsi

Transkripsi terjadi pada sel kariotik dan eukariotik melaui tahapan sebagai

berikut

A. Transkripsi Prokariotik

Tahap transkripsi melalui ; inisiasi, elongasi dan terminasi. Enzim yang bertanggung jawab atas transkripsi adalah RNA polimerase yang bergerak disepanjang gen dari promoternya sampai persis di belakang terminatornya. RNA polimerase menyusun molekul RNA dengan urutan nukleotida yang berkomplementer dengan untaian cetakan gen tersebut. Rentangan DNA yang ditranskripsi disebut unit transkripsi.

1. Inisiasi : setelah terikat dengan promoter, RNA polimerase mengulur kedua untai DNA dan mengawali sintesa RNA pada titik awal (strat) pada untai cetakan tersebut. Urutan nukleotida didalam promoter menentukan kearah mana RNA polimerase itu menghadap dan menentukan untai mana yang digunakan sebagai cetakannya.

2. Elongasi : RNA polimerase bekerja downstream dari promoter, mengulur

DNA dan memanjangkan RNA yang tumbuh dalam arah 5 - 3 . Bersama

setelah transkripsi untai, untai DNA membentuk kembali helik ganda.

3. Terminasi : Akhirnya RNA polimerase menstrakripsi terminator, suatu urutan nukleotida disepanjang DNA yang menandakan akhir dari unit transkripsi tersebut. Segera setelah itu RNAnya dilepas dan polimerase berpisah dari DNA.

Secara rinci Transkripsi Kariotik dapat diterangkan sebagai berikut :

RNA polimeras sersusun atas 5 sub unit ( 2a, 1b, 1b  dan 1d ,/ a2bb²d ). Transkripsi dimulai dari sekuen promoter. Promoter mengandung sekuen DNA khusus yang berperan sebagai tempat ikatan dengan RNA polimerase.

1. Tahap Inisiasi

RNA polimerase mengenali sebuah konsensus sekuen (-10 dan -35 ). Sub unit d dari RNA polymerase berperan dalam mengenali dan mengikatkan diri dengan promoter pada titik -35. Ikatan antara enzim dengan promoter tersebut membentuk sebuah “closed promoter complex”dimana promoter tetap double helix.

Double helix kemudian terbuka sedikit pada titik -10, yang kaya akan ikatan yang lemah antara A-T, dan membentuk “ open promoter complek.”

Setelah terikat dengan promoter RNA polimerase mengulurkan kedua untaian DNA mengawali sintesa pada titik awal strar kodon + 1.

Mulai membuka pada – 10.

2. Tahap Elongasi

RNA polimerase bekerja down stream dari promoter mengulur DNA dan

memanjangkan RNA dalam arah 5  - 3 

3. Tahap Terminasi

RNA polimerase mentranskrip urut-urutan DNA yang disebut terminator,

ketika itu polimerase mencapai titik tersebut polimerase melepaskan RNA

dan DNA.

B. Transkripsi Eukariotik.

Tahap transkripsi melalui : inisiasi, elongasi dan terminasi.

1. Inisiasi : Enzim yang mentranskripsi gen pengkode protein menjadi pra-mRNA ialah RNA polimerase II. Transkripsi dimulai dari sekuen promoter. Promoter mengandung sekuen DNA khusus (TATA…) yang dikenal dengan TATA box, diletakan kira-kira 25 bp ke arah upstream. TATA box berperan untuk meletakan RNA polimerase II pada tempat yang tepat sebelum transkripsi.

2. Elongasi : Untaian yang sedang tumbuh memperlihatkan jejak dari polimerase, panjang setiap untai baru mencerminkan sejauhmana enzim itu telah berjalan dari titik awal disepanjang cetakan tersebut. Banyaknya molekul polimerase secara simultan menstranskripsi gen tunggal akan meningkatkan jumlah mRNA dan membantu suatu sel membuat protein jumlah yang lebih besar.

3. Terminasi : Enzim polimrase ini terus melewati sinyal terminasi, suatu urutan AAUAA didalam pra-mRNA. Pada titik yang lebih jauh kira-kira 10 – 35 nukleotida, pra-mRNA ini hingga terlepas dari enzim tersebut. Tempat pemotongan pada RNA juga merupakan tempat untuk penambahan ekor poli (A).

Secara rinci Transkripsi Eukariotik dapat diterangkan sebagai berikut :

1. Tahap Inisiasi

Transkripsi dimulai dari sekuen promoter- 25. Promoter mengandung sekuen

DNA khusus TATA yang dikenal TATA box diletakan 25 bp upstream

Pengikatan RNA polimerase II dengan promoter memerlukan beberapa protein

yang disebut transkription factor II

Bergabungnya transkrisi faktor II D di ikuti oleh TF II A dan TF IIB.

RNA polimerase II yang diikuti oleh TF II D, TF II A dan TF II B

RNA polimerase II menempel yang diikuti oleh TF F,E, H, J

2. Tahap Elongasi berjalan sampai akhir Tahap terminasi pada ekor poli (A) yang terbentuk oleh pemotongan diarah downstream dari terminasi sinyal pengakhir AAUAA untuk memelindungi RNA dari degradasi dan ekor poli(A) dapat mempermudah ekspor mRNA dari nukleus ke sitoplasma.

KESIMPULAN.1. Transkripsi terjadi yang bertanggung jawab adalah enzim RNA polimerase yang

bergerak disepanjang gen dari promoternya sampai persis dibelakang

terminatornya.

2. Sel kariotik, RNA ditranskripsi dari cetakan DNA.

3. Sel eukariotik, transkrip RNA (pra-mRNA) disambung dan dimodifikasi untuk

menghasilkan mRNA yang berpindah dari nukleus ke sitoplasma.

DAFTAR PUSTAKA.

Campbell, N. A.; J. B. Reece and L. G. Mitchell. 2000. Biologi Edisi Kelima

Jilid I. Penerbit Erlangga, Jakarta. : 438 p.

Harper, H. A. ; V. W. Rodwell and P. A. Mayes. 1977. Biokimia Edisi

Ketujuhbelas. Penerbit Buku Kedokteran E. G. C. Jakarta : 743 p.

Jusup, M. 1989, Genetika I. Struktur dan ekspresi Gen. Institut Pertanian Bogor.

Sugiono. 2004. Asam Nukleat dan Sintesis Protein. Bahan kuliah, Fakultas Biologi

UNSOED. Purwokerto.

Read More......

beda RNA beda DNA

Selasa, Desember 23, 2008

Perbedaan DNA dan RNA

DNA

Senin, 6 Agustus 2007 - Dikirim oleh: ayi
Rubrik : Ensik Balita

Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA (bahasa Inggris: deoxyribonucleic acid), adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun berat kering setiap organisme. Di dalam sel, DNA umumnya terletak di dalam inti sel.Secara garis besar, peran DNA di dalam sebuah sel adalah sebagai materi genetik; artinya, DNA menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Ini berlaku umum bagi setiap organisme. Di antara perkecualian yang menonjol adalah beberapa jenis virus (dan virus tidak termasuk organisme) seperti HIV (Human Immunodeficiency Virus).

Struktur

DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama, yaitu gugus fosfat, gula deoksiribosa, dan basa nitrogen. Sebuah unit monomer DNA yang terdiri dari ketiga komponen tersebut dinamakan nukleotida, sehingga DNA tergolong sebagai polinukleotida.Rantai DNA memiliki lebar 22–24 Å, sementara panjang satu unit nukleotida 3,3 Å^[1]. Walaupun unit monomer ini sangatlah kecil, DNA dapat memiliki jutaan nukleotida yang terangkai seperti rantai. Misalnya, kromosom terbesar pada manusia terdiri atas 220 juta nukleotida^[2].Struktur untai komplementer DNA menunjukkan pasangan basa (adenin dengan timin dan guanin dengan sitosin) yang membentuk DNA beruntai ganda.Rangka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang berselang-seling. Gula pada DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), yaitu 2-deoksiribosa. Dua gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester antara atom karbon ketiga pada cincin satu gula dan atom karbon kelima pada gula lainnya. Salah satu perbedaan utama DNA dan RNA adalah gula penyusunnya; gula RNA adalah ribosa.DNA terdiri atas dua untai yang berpilin membentuk struktur heliks ganda. Pada struktur heliks ganda, orientasi rantai nukleotida pada satu untai berlawanan dengan orientasi nukleotida untai lainnya. Hal ini disebut sebagai antiparalel. Masing-masing untai terdiri dari rangka utama, sebagai struktur utama, dan basa nitrogen, yang berinteraksi dengan untai DNA satunya pada heliks. Kedua untai pada heliks ganda DNA disatukan oleh ikatan hidrogen antara basa-basa yang terdapat pada kedua untai tersebut. Empat basa yang ditemukan pada DNA adalah adenin (dilambangkan A), sitosin (C, dari cytosine), guanin (G), dan timin (T). Adenin berikatan hidrogen dengan timin, sedangkan guanin berikatan dengan sitosin.

Fungsi biologis

Replikasi

Pada replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk berdasarkan urutan nukleotida pada DNA yang digandakan.Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA. Proses replikasi ini diperlukan ketika sel akan membelah diri. Pada setiap sel, kecuali sel gamet, pembelahan diri harus disertai dengan replikasi DNA supaya semua sel turunan memiliki informasi genetik yang sama. Pada dasarnya, proses replikasi memanfaatkan fakta bahwa DNA terdiri dari dua rantai dan rantai yang satu merupakan "konjugat" dari rantai pasangannya. Dengan kata lain, dengan mengetahui susunan satu rantai, maka susunan rantai pasangan dapat dengan mudah dibentuk. Ada beberapa teori yang mencoba menjelaskan bagaimana proses replikasi DNA ini terjadi. Salah satu teori yang paling populer menyatakan bahwa pada masing-masing DNA baru yang diperoleh pada akhir proses replikasi; satu rantai tunggal merupakan rantai DNA dari rantai DNA sebelumnya, sedangkan rantai pasangannya merupakan rantai yang baru disintesis. Rantai tunggal yang diperoleh dari DNA sebelumnya tersebut bertindak sebagai "cetakan" untuk membuat rantai pasangannya.Proses replikasi memerlukan protein atau enzim pembantu; salah satu yang terpenting dikenal dengan nama DNA polimerase, yang merupakan enzim pembantu pembentukan rantai DNA baru yang merupakan suatu polimer. Proses replikasi diawali dengan pembukaan untaian ganda DNA pada titik-titik tertentu di sepanjang rantai DNA. Proses pembukaan rantai DNA ini dibantu oleh beberapa jenis protein yang dapat mengenali titik-titik tersebut, dan juga protein yang mampu membuka pilinan rantai DNA. Setelah cukup ruang terbentuk akibat pembukaan untaian ganda ini, DNA polimerase masuk dan mengikat diri pada kedua rantai DNA yang sudah terbuka secara lokal tersebut. Proses pembukaan rantai ganda tersebut berlangsung disertai dengan pergeseran DNA polimerase mengikuti arah membukanya rantai ganda. Monomer DNA ditambahkan di kedua sisi rantai yang membuka setiap kali DNA polimerase bergeser. Hal ini berlanjut sampai seluruh rantai telah benar-benar terpisah.Proses replikasi DNA ini merupakan proses yang rumit namun teliti. Proses sintesis rantai DNA baru memiliki suatu mekanisme yang mencegah terjadinya kesalahan pemasukan monomer yang dapat berakibat fatal. Karena mekanisme inilah kemungkinan terjadinya kesalahan sintesis amatlah kecil.

Penggunaan DNA dalam teknologi

DNA dalam forensik

Ilmuwan forensik dapat menggunakan DNA yang terletak dalam darah, semen, kulit, liur atau rambut yang tersisa di tempat kejadian kejahatan untuk mengidentifikasi kemungkinan tersangka, sebuah proses yang disebut fingerprinting genetika atau pemrofilan DNA (DNA profiling). Dalam pemrofilan DNA panjang relatif dari bagian DNA yang berulang seperti short tandem repeats dan minisatelit, dibandingkan. Pemrofilan DNA dikembangkan pada 1984 oleh genetikawan Inggris Alec Jeffreys dari Universitas Leicester, dan pertama kali digunakan untuk mendakwa Colin Pitchfork pada 1988 dalam kasus pembunuhan Enderby di Leicestershire, Inggris. Banyak yurisdiksi membutuhkan terdakwa dari kejahatan tertentu untuk menyediakan sebuah contoh DNA untuk dimasukkan ke dalam database komputer. Hal ini telah membantu investigator menyelesaikan kasus lama di mana pelanggar tidak diketahui dan hanya contoh DNA yang diperoleh dari tempat kejadian (terutama dalam kasus perkosaan antar orang tak dikenal). Metode ini adalah salah satu teknik paling terpercaya untuk mengidentifikasi seorang pelaku kejahatan, tetapi tidak selalu sempurna, misalnya bila tidak ada DNA yang dapat diperoleh, atau bila tempat kejadian terkontaminasi oleh DNA dari banyak orang.

DNA dalam komputasi

DNA memainkan peran penting dalam ilmu komputer, baik sebagai masalah riset dan sebagai sebuah cara komputasi.Riset dalam algoritma pencarian string, yang menemukan kejadian dari urutan huruf di dalam urutan huruf yang lebih besar, dimotivasi sebagian oleh riset DNA, dimana algoritma ini digunakan untuk mencari urutan tertentu dari nukleotida dalam sebuah urutan yang besar. Dalam aplikasi lainnya seperti editor text, bahkan algoritma sederhana untuk maslah ini biasanya mencukupi, tetapi urutan DNA menyebabkan algoritma-algoritma ini untuk menunjukkan sifat kasus-mendekati-terburuk dikarenakan jumlah kecil dari karakter yang berbeda.Teori database juga telah dipengaruhi oleh riset DNA, yang memiliki masalah khusus untuk menaruh dan memanipulasi urutan DNA. Database yang dikhususkan untuk riset DNA disebut database genomik, dam harus menangani sejumlah tantangan teknis yang unik yang dihubungkan dengan operasi pembandingan kira-kira, pembandingan urutan, mencari pola yang berulang, dan pencarian homologi.

Sejarah

DNA pertama kali berhasil dimurnikan pada tahun 1868 oleh ilmuwan Swiss Friedrich Miescher di Tubingen, Jerman, yang menamainya nuclein berdasarkan lokasinya di dalam inti sel. Namun demikian, penelitian terhadap peranan DNA di dalam sel baru dimulai pada awal abad 20, bersamaan dengan ditemukannya postulat genetika Mendel. DNA dan protein dianggap dua molekul yang paling memungkinkan sebagai pembawa sifat genetis berdasarkan teori tersebut.Dua eksperimen pada dekade 40-an membuktikan fungsi DNA sebagai materi genetik. Dalam penelitian oleh Avery dan rekan-rekannya, ekstrak dari sel bakteri yang satu gagal men-transform sel bakteri lainnya kecuali jika DNA dalam ekstrak dibiarkan utuh. Eksperimen Hershey dan Chase membuktikan hal yang sama dengan menggunakan pencari jejak radioaktif (radioactive tracers).Misteri yang belum terpecahkan ketika itu adalah: bagaimanakah struktur DNA sehingga ia mampu bertugas sebagai materi genetik? Persoalan ini dijawab oleh Francis Crick dan koleganya James Watson berdasarkan hasil difraksi sinar-x DNA oleh Maurice Wilkins dan Rosalind Franklin. Crick, Watson, dan Wilkins mendapatkan hadiah Nobel Kedokteran pada 1962 atas penemuan ini. Franklin, karena sudah wafat pada waktu itu, tidak dapat dianugerahi hadiah ini.

Referensi

1. ^ Mandelkern M, Elias J, Eden D, Crothers D (1981). "The dimensions of DNA in solution". J Mol Biol 152 (1): 153-61. PMID 7338906.
2. ^ Gregory S, et. al. (2006). "The DNA sequence and biological annotation of human chromosome 1". Nature 441 (7091): 315-21. PMID 16710414.

Read More......